RSeQC

BAM Statistiques

Figure 1: valeurs des différentes métriques pour les échantillons.

source : nf-core RNAseq MultiQC

Dans la figure 1, l'axe des abscisses représente la quantité soit en lectures soit en nucléotides (en million).

Bam_Stat.py présente toutes les métriques et les valeurs pour chaque échantillon présent dans les fichiers BAM.

Métriques:

Total records : correspond au nombre total de lectures du fichier BAM.

QC failed :

correspond aux lectures qui n’ont pas passé le test de qualité. Pour les données RNAseq, le test de qualité a été effectué par FastQC, pour SAREK, il est directement effectué avec l’alignement BWA-mem.

Duplicates :

les lectures dupliquées sont des lectures ayant les mêmes séquences. Pour les données RNAseq, elles peuvent apparaître pendant la PCR, mais aussi à cause d’une forte expression de gènes. Les valeurs peuvent être très élevées pour des données RNAseq.

Non primary hit :

correspond à des lectures qui peuvent être soit secondaires (donc qui s’alignent bien à plusieurs endroits du génome de référence) soit supplémentaires (donc qui ne peuvent être représentées par un alignement linéaire).

Unmapped : correspond aux lectures non mappées.

Unique : correspond aux lectures mappées.

Read-1 : première lecture.

Read-2 : lecture appariées.

+ve strand : il s’agit des lectures appartenant au brin forward.

-ve strand : il s’agit des lectures appartenant au brin reverse.

Non-splice reads : il s’agit des lectures non épissées possédant ne possédant pas d'introns mais des exons uniquement.

Splice reads : il s'agit de lectures ne chevauchant pas d'introns.

Proper pairs : il s’agit des lectures qui sont correctement appariées et mappées.

Different chrom : correspond aux lectures qui sont appariées avec une lecture présente sur un autre chromosome.