FastQC

Statistiques générales

En haut de chaque rapport MultiQC se trouve le tableau des “Statistiques Générales”. Celui-ci montre un aperçu des valeurs clés, issues de chaque outil du pipeline. L’objectif du tableau est de rassembler les statistiques d'analyse de chaque échantillon afin de pouvoir les visualiser en un seul endroit.

Figure 1 : statistiques générale montré en sortie de MultiQC.

source : Babraham Training Courses

En passant la souris sur les en-têtes de colonne dans la sortie (HTML multiQC pas dans le guide Book) il s'affiche une description détaillée du type de données et de l'outil qui les a produites. Cliquer sur un en-tête trie le tableau par cette valeur. Cliquer à nouveau change la direction du tri. Vous pouvez maintenir la touche Maj enfoncée et cliquer sur plusieurs en-têtes pour trier par plusieurs colonnes.

Configurer les colonnes

Cliquer sur le bouton “Configurer les colonnes”, situé au-dessus du tableau, permettra d'ouvrir une autre fenêtre avec des informations plus détaillées sur chaque colonne, ainsi que des options pour afficher/masquer et changer l’ordre des colonnes.

Graphique des données

Le bouton “Plot” permet de tracer les valeurs de deux colonnes l’une contre l’autre, pour un même échantillon.

Figure 2 : comparatif de deux colonnes ( taux de GC et taux de duplications) pour chaque échantillon.

source : Babraham Training Courses

Le bouton “Copier le tableau” copie le tableau au format tabulaire, vous pouvez coller le contenu dans un fichier texte ou tabulaire.

Avertissement

N’oubliez pas de faire défiler vers la gauche pour voir toutes les colonnes affichées.